В конце 1960-х годов по инициативе академика АН Таджикистана Нарзикулова М.Н. и профессора Станюковича К.В. в составе Академии наук был создан отдел охраны окружающей среды и рационального использования природных ресурсов. Заведующим отделом был назначен кандидат биологических наук Сапожников Г.Г.

В октябре 1990 года заведующим отделом был избран кандидат экономических наук Мухаббатов Х.М. В 1991 году решением Президиума Академии наук название отдела было изменено на «Отделение географии и экологии».

Отдел географии и экологии имел 5 лабораторий, оснащенных современным оборудованием. Отделом были организованы многочисленные экспедиции во все уголки Таджикистана.

В 1973 году после извержения Херсонского ледника Постановлением Совета Министров Таджикистана в отделе была создана лаборатория гляциологии и метеорологии. В отделе работали известные специалисты в области гляциологии (Соколов Г., Финаев А. и др.). Сотрудники лаборатории в основном изучали ледники Памира, горы Зарафшана и Туркестана.

В 1995 году произошли изменения в структуре академии. Отдел географии и экологии, отдел генетики и Совет по изучению производительных сил были упразднены, а на их базе создана новая структура — Институт демографии.

Упразднение отдела географии и экологии привело к переводу специалистов в области гляциологии, вод и метеорологии из Академии наук в другие научные учреждения и университеты.

В 2011 году приказом президента Академии наук Таджикистана академика Илолова М.И. был воссоздан отдел географии при Президиуме НАНТ.

В 2021 году приказом президента НАНТ академика Фархода Рахими название Отдела географии было изменено на Отдел географии и дистанционного зондирования при Президиуме НАНТ, который продолжает свою деятельность по настоящей время.