В Таджикистане начались систематические научно-исследовательские работы, кото-рые осуществлялись учёными Академии наук СССР в форме проведения комплексных экспедиций, в задачи которых входили изучение истории и культуры таджикского народа, природных ресурсов республики, создание стационарных исследовательских центров и подготовка научных кадров. Эти экспедиции, объединявшие географов, геологов, ботаников, зоологов, геодезистов, экономистов, учёных других специальностей, собрали колоссальный первичный материал, послуживший затем основой систематического и целенаправленного научного поиска. Проведена большая работа по изучению флоры и фауны Таджикистана, выявлению его гидроэнергетических, минеральных и топливных ресурсов, намечены перспективы освоения новых земельных угодий и промышленного развития республики на основе использования её недр. Результаты работы экспедиций были заслушаны и обсуждены комиссией Академии наук СССР и было принято решение об организации Таджикской базы Академии наук СССР для постоянных исследовательских работ на территории республики.

В январе 1933 г. была открыта Таджикская база Академии наук СССР, её первым директором стал академик С.Ф.Ольденбург (1863-1935 гг.). База  объединяла секторы геологии, ботаники, зоологии и паразитологии, почвоведения, гуманитарных наук.

В результате работы Таджикской базы Академии наук СССР появилась необходимость создания более крупных специализированных научных учреждений – институтов, способных решать важные фундаментальные проблемы.

Таджикская база Академии наук СССР была преобразована в Таджикский филиал Академии наук СССР с институтами: геологии, ботаники, зоологии и паразитологии, истории, языка и литературы. Таджикский филиал АН СССР возглавил академик Е.Н.Павловский, которому принадлежат исключительные заслуги в становлении и развитии науки в нашей республике.

Организация филиала способствовала дальнейшему развитию науки в Таджикистане, несмотря на то, что его деятельность совпала с трудными годами Великой Отечественный войны и послевоенным периодом восстановления народного хозяйства.

В результате десятилетней деятель-ности Таджикского филиала Академии наук СССР были подготовлены материальная база для широкого развития научных исследований, научные работники (более 700 человек). В итоге были созданы условия для образования в республике Академии наук.

Постановлением Совета Министров СССР от 9 октября  1950 г. на основании Постановления Президиума Верховного Совета Таджик-ской ССР, Совета Министров Таджик-ской ССР и ЦК КП(б) Таджикистана от 14 апреля 1951 г. учреждена Академия наук Таджикской ССР. В её состав вошли: Институт геологии, Институт химии, Институт сейсмологии, Институт ботаники, Институт зоологии и паразитологии, Институт почвоведения, мелиорации и ирригации, Институт животноводства, Институт истории, археологии и этнографии, Институт языка и литературы, Астрономическая обсерватория, Отдел хлопководства, Отдел философии и Отдел экономики. В структуре Академии наук было два отделения: естественных и общественных наук.

Таким образом, за короткий исторический период в Таджикистане был пройден путь от научных ячеек до Академии наук – крупного научно-исследовательского центра, объединяю-щего сотни учёных и охватывающего своими исследованиями широкий круг проблем современной науки.

В состав Академии наук вошли 3 почётных академика – А.Н.Несмеянов, Е.Н.Павловский, К.И.Сатпаев, 11 акаде-миков и 14 членов-корреспондентов.

Первым президентом Академии наук Таджикской ССР был избран выдаю-щийся деятель науки и культуры Таджикистана, основоположник таджик-ской советской литературы Садриддин Айни (1878-1954 гг.), внёсший огромный вклад в изучение истории культуры таджикского народа.

С избранием в 1957 г. на пост президента Академии наук Таджикской ССР известного учёного-физика С.У. Умарова (1900-1964 гг.) усилились исследования в области точных наук, экспериментальной биологии, востоко-ведения. Развёртывание научных исследований в новых областях науки потребовало подготовки кадров в широких масштабах. В научных учреждениях Москвы, Ленинграда, Новосибирска, Киева, Минска и других научных центрах прошли подготовку молодые таджикские учёные, которые приступили к разработке важных проблем современной науки.

Образованы: Институт водных проблем, Институт астрофизики, Отдел востоковедения и письменного наследия, Памирская база АН Тадж. ССР, Комитет по терминологии, Физико-технический институт им. С.У.Умарова, Институт физиологии и биофизики растений, Институт экономики, Институт гастро-энтерологии, Памирский биологический институт, Отдел охраны и рационального использования природных ресурсов, Институт востоковедения, Математи-ческий институт с Вычислительным центром.

Образованы: Институт философии и права, Институт гуманитарных наук, Худжандский науч-ный центр, Памирский филиал АН РТ, Отдел материаловедения, Отдел социальных проблем человека.

После распада Советского Союза, несмотря на серьёзные проблемы, возникшие в Таджикистане, усилиями правительства и учёных удалось сохранить в основном научный потен-циал и Академию наук – это бесценное достояние Таджикистана. Развитие науки и образования в Таджикистане признано одним из национальных приоритетов. Принят Закон Республики Таджикистан «О науке и государственной научно-технической политике».

Растёт поддержка науки со стороны Правительства Республики Таджикис-тана, из года в год увеличивается финансирование науки.

Образованы: Институт водных проб-лем, гидроэнергетики и экологии, Институт демографии, Институт госу-дарства и права им. А.Баховаддинова, Агентство по ядерной и радиационной безопасности, Хатлонский научный центр.

В мае 2002 г. принят Закон Республики Таджикистан «Об Академии наук Республики Таджикистан».

Образованы: Центр Авиценноведения при Институте философии и права им. А.Баховаддинова  АН РТ, Центр исследования и использования возобнов-ляемых источников энергии при Физико-техническом институте им. С.У.Умарова АН РТ, Центр инновационной биологии и медицины, Центр инновационного развития науки и технологий.

С целью создания благоприятных условий для дальнейшего развития фундаментальных и прикладных исследований, повышения уровня, качества и эффективности научных разработок и использования их в производстве, концентрации научного потенциала на приоритетных для страны направлениях научных исследований, активизации инновационной деятель-ности, совершенствования системы подготовки молодых кадров и специалистов, повышения роли Академии наук РТ в социально-экономической, культурной и духовных сферах в октябре 2010 г. Прави-тельством Республики Таджикистан принято Постановление «О структурно-административной реформе Академии наук Республики Таджикистан».

С 1966 по 1988 гг. президентом АН Тадж. ССР был М.С.Асимов, с 1988 по 1995 гг. С.Х.Негматуллаев, с 1995 по 2005 гг. У.М.Мирсаидов, которые внесли большой вклад в развитие науки, укрепление материально-технической базы и подготовку научных кадров.

В настоящее время в АН РТ работают более 2000 человек, среди которых 35 действительных членов и 43 члена-корреспондента, 190 докторов и 360 кандидатов наук. В составе Академии наук 18 иностранных членов.

Ныне АН РТ объединяет 14 научно-исследовательских институтов, Памир-ский филиал, в состав которого входят 2 института, Худжандский и Хатлонский научные центры, Международный научный центр «Памир-Чакалтая» и ряд других научных учреждений, ведущих исследования в области естественных, технических и общественных наук.

Научные учреждения АН РТ объединены в 3 отделения: Отделение физико-математических, химичес­ких, геологических и технических наук (вице-президент - председатель отделения академик АН РТ С.Одинаев), Отделение биологических и медицинских наук (вице-президент, - председатель отделе-ния академик АН РТ М.М.Якубова) и Отделение общественных наук (и.о. вице-президента - председателя отделения чл.-корр. АН РТ К.Олимов).

Отделение физико-математических, хи­мических, геологичес­ких и техни-ческих наук объединяет Институт математики, физико-технический инсти-тут им. С.У.Умарова, Институт астрофи-зики, Институт химии им. В.И.Никитина, Институт геоло­гии, сейсмостойкого строительства и сейсмо­логии, Институт водных проблем, гидроэнергетики и экологии, Агентство по ядерной и радиационной безопасности, Научно-экспериментальное и производственное учреждение, Геофизическую службу.

В Отделение био­логических и медицин­ских наук входят Институт ботаники, физиологии и ге­нетики растений, Институт зооло­гии и паразитологии им. Е.Н.Павловского, Памирский био­логический институт им. Х.Ю.Юсуфбекова.

Отделение общественных наук объе-диняет Институт языка, литературы, востоковедения и письменного наследия им. А.Рудаки, Институт истории, археологии и этнографии им. А.Дониша, Институт философии, политологии и права им. А.Баховаддинова, Институт экономики и демографии, Институт гуманитарных наук.

При Президиуме Академии наук функционируют: Аттестационная комис-сия РТ, Совет по координации научно-исследовательских работ, в области естественных, технических, медицин-ских, гуманитарных и общественных наук в Республике Таджикистан, Отдел аспирантуры, Отдел географии, Кафедра философии и Кафедра иностранных языков, Издательство «Дониш», Цен-тральная научная библиотека им. Индиры Ганди, Унитарное государственное предприятие «Таъминоти илм» и «Академсохтмон».

В период государственной независи-мости учёными АН РТ изданы около 10 тыс. научных работ, в том числе 1200 книг, брошюр и научных сборников. За последние 10 лет опубликованы более 3 тыс. статей и различных научных произведений в журналах и изданиях США, Европы, Индии, Ирана, СНГ, что свидетельствует о признании результатов научных исследований наших учёных на международном уровне.

Многие разработки нашли практичес­кое применение в важнейших отраслях народ­ного хозяйства. Внедрение этих раз­работок позволяет получать новые материа­лы, лекарственные препараты, решать вопро­сы сейсмической без-опасности промышлен­ных объектов и плотин, повышать урожай­ность сельскохозяйственных культур.

За последние годы научными учрежде­ниями Академии наук получено более 200 патентов Республики Таджикистан на изобретения.

Только за последние 5 лет 650 научных сотрудников АН РТ выезжали в другие страны для участия в работе  научных конференций, симпозиумов, семинаров, форумов, чтения лекций и проведения совместных научных работ с учёными зарубежных стран. Более 200 наших учёных ведут совместную научную работу с зарубежными коллегами.

АН РТ поддерживает широкие международ­ные связи с научными центрами стран ближ­него и дальнего зарубежья. В соответствии с решением Совета глав правительств СНГ и с целью дальнейшего расширения процессов интеграции в области науки АН РТ принимает активное участие в разработке и реализации конвенций и соглашений в рамках Межгосу­дарственного интегра-ционного комитета.

Расширяются международные связи на основе межгосударственных соглашений или прямых договоров между АН РТ и исследовательскими центрами зарубеж-ных стран.

Научный потенциал АН РТ достаточно высок, Академия наук может и должна оказывать всё более возрастающее влияние на развитие науки, культуры, образования и экономики в республике.