Дар Тоҷикистон корҳои мунтазаму илмиву тадқиқотӣ аз тарафи олимони Академияи илмҳои Иттиҳоди Шӯравӣ дар шакли гузаронидани экспедитсияҳои комплексӣ шурӯъ шуданд, ки мақсад аз онҳо омӯзиши таъриху фарҳанги халқи тоҷик, захираҳои табиии ҷумҳурӣ, таъсиси марказҳои статсионарии тадқиқотӣ ва тайёр кардани мутахассисони илмӣ буд. Ин экспедитсияҳо, ки ҷуғрофиядонон, геологҳо, набототшиносон, ҳайвонотшиносон, нақшабардорон, иқтисоддонон ва олимони соҳаҳои дигарро муттаҳид менамуданд, маводи фаровони аввалия ҷамъ оварданд, ки баъдан дар асоси онҳо ҷӯстуҷуйҳои муназзаму ҳадафманд қарор гирифт. Ин таҳқиқотҳо дар соҳаи омўзиши набототу ҳайвоноти Тоҷикистон, кашф намудани захираҳои гидроэнергетикӣ, маъдан ва сӯзишворӣ нақши муҳим бозида, дурнамои обёрии заминҳои нав ва рушди саноатии ҷумҳуриро дар асоси истифодаи захираҳои зеризаминии он муайян намуданд. Натиҷаҳои кори экспедитсияҳоро комиссияи Академияи илмҳои Иттиҳоди Шӯравӣ мавриди баррасиву муҳокима қарор дод ва дар бораи ташкили Пойгоҳи (базаи) тоҷикистонии Академияи илмҳои Иттиҳоди Шӯравӣ барои корҳои доимии тадқиқотӣ дар марзи ҷумҳурӣ қарор қабул кард.

 Моҳи январи соли 1933 Пойгоҳи Академияи илмҳои Иттиҳоди Шӯравӣ дар Тоҷикистон таъсис ёфт ва директори нахустини он академик С.Ф.Олденбург (1868-1935) таъйин шуд. Пойгоҳ бахшҳои геология, ботаника, зоологияву паразитология, хокшиносӣ, илмҳои гуманитариро дар бар мегирифт.

Дар натиҷаи фаъолияти Пойгоҳи тоҷикистонии Академияи илмҳои Иттиҳоди Шӯравӣ зарурати таъсиси муассисаҳои калони махсуси илмӣ – институтҳое ба вуҷуд омад, ки ба ҳал намудани масъалаҳои муҳими бунёдӣ қодир бошанд.

Соли 1940 Пойгоҳи Академияи илмҳои Иттиҳоди Шӯравӣ ба Филиали Академияи илмҳои Иттиҳоди Шӯравӣ дар Тоҷикистон бо институтҳои геология, ботаника, зоология ва паразитология, таърих, забон ва адабиёт табдил  дода шуд.  Филиали Академияи илмҳои Иттиҳоди Шӯравиро академик Е.Н.Павловский роҳбарӣ менамуд, ки ӯ дар барқарор ва пешрафти илм дар Ҷумҳурии мо Тоҷикистон хидматҳои хеле зиёде кардааст.

Сарфи назар аз он ки фаъолияти он ба солҳои душвори Ҷанги Бузурги Ватанӣ ва давраи пасиҷангии барқарорсозии хоҷагии халқ рост омад, ташкили филиал ба рушди минбаъдаи илм дар Тоҷикистон мусоидат намуд.

Дар натиҷаи фаъолияти даҳсолаи Филиали Академияи илмҳои Иттиҳоди Шӯравӣ дар Тоҷикистон барои тавсиаи тадқиқоти илмӣ заминаи моддӣ ба вуҷуд омада, кормандони илмӣ (бештар аз 700 нафар) тайёр карда шуданд. Ниҳоят барои дар ҷумҳурӣ ташкил кардани Академияи илмҳо заминаи мусоид ба вуҷуд омад.

Бо Қарори Шӯрои Вазирони Иттиҳодди Шӯравӣ аз 9 октябри соли 1950 дар асоси Қарори Раёсати Шӯрои Олии ҶШС Тоҷикистон, Шӯрои Вазирони ҶШС Тоҷикистон ва Кумитаи Марказии Ҳизби коммунисти Тоҷикистон аз 14 апрели соли 1951 Академияи илмҳои ҶШС Тоҷикистон таъсис дода шуд. Ба ҳайати он муассисаҳои илмии зерин дохил карда шуданд: Институти геология, Институти химия, Институти сейсмология, Институти ботаника, Институти зоология ва паразитология, Институти хокшиносӣ, мелиоратсия ва ирригатсия, Институти зотпарврӣ, Институти таърих, бостоншиносӣ ва мардумшиносӣ, Институти забон ва адабиёт, Расадхонаи астрономӣ, Шӯъбаи пахтапарварӣ, Шӯъбаи фалсафа ва Шӯъбаи иқтисодиёт.

 Ҳамин тавр, дар муддати кӯтоҳи таърихӣ дар Тоҷикистон аз нахустин муассисаҳои хурди илмӣ то Академияи илмҳо роҳ тай гардид ва ин маркази бузурги илмиву тадқиқотӣ садҳо олимонро, ки дар тадқиқоти худ доираи васеи масъалаҳои илми муосирро фаро мегирифтанд, муттаҳид намуд.

Ба ҳайати Академияи илмҳои Ҷумҳурии Тоҷикистон 3 академики фахрӣ -  А.Н.Несмеянов, Е.Н.Павловский, К.И.Сатпаев, 11 академик ва 14 аъзои вобаста дохил шуданд.

Аввалин президенти Академияи илмҳои ҶШС Тоҷикистон, арбоби барҷастаи илму маданияти Тоҷикистон, асосгузори адабиёти шӯравии тоҷик Садриддин Айнӣ  (1878-1954), ки дар омӯзиши таърихи фарҳанг, забон ва адабиёти тоҷик саҳми бузург гузоштааст, интихоб гардид. Соли 1957 ба вазифаи президенти Академияи илмҳои Ҷумҳурии Тоҷикистон донишманди маъруфи соҳаи физика С.У.Умаров (1908-1964) интихоб гардид ва тадқиқи илмҳои дақиқ, биологияи таҷрибавӣ, шарқшиносӣ тақвият ёфт. Густариши тадқиқоти илмӣ дар соҳаҳои нави илм тайёр кардани мутахассисонро дар миқёси васеъ тақозо менамуд. Дар муассисаҳои илмии Москва, Ленинград, Новосибирск, Киев, Минск ва марказҳои дигари илмӣ олимони ҷавони тоҷик, ки бояд масъалаҳои муҳими илми муосирро таҳқиқ менамуданд, сабақ гирифтанд.

Тайи ин солҳо дар сохтори Академияи илмҳо муассисаҳои нави илмии зерин таъсис дода шуданд: Институти масъалаҳои об, Институти астрофизика, Шӯъбаи шарқшиносӣ ва мероси хаттӣ, Пойгоҳи дар Помирбудаи Академияи илмҳои ҶШТ, Кумитаи истилоҳоти Академияи илмҳои ҶШТ, Институти физикаю техникаи ба номи С.У.Умаров, Институти физиология ва биофизикаи растаниҳо, Институти иқтисодиёт, Институти гастроэнтерология, Шӯъбаи ҳифз ва истифодаи оқилонаи захираҳи табиӣ, Институти шарқшиносӣ, Институти математика бо Маркази ҳисоббарорӣ.

Тайи ин солҳо дар сохтори Академияи илмҳо муассисаҳои нави илмии зерин таъсис дода шуданд: Институти фалсафа ва ҳуқуқ, Инстиути илмҳои гуманитарӣ, Маркази илмии Хуҷанд, Филиали дар Помирбудаи Академияи илмҳои ҶТ, Шӯъбаи маводшиносӣ, Шӯъбаи масъалаҳои иҷтимоии инсон.

Пас аз пошхӯрии Иттиҳоди Шӯравӣ қатъи назар аз душвориҳои ҷиддии дар Тоҷикистон пайдошуда, бо кӯшиши ҳукумат ва олимон муяссар гардид, ки нерӯи илмӣ ва Академияи илмҳо - маркази асосии илми мамлакат ҳифз ва тараққӣ дода шавад. Рушди илм ва маориф дар Тоҷикистон яке аз самтҳои афзалиятдошта эътироф гардид.

Дар ин давра Қонуни Ҷумҳурии Тоҷикистон «Дар бораи илм ва сиёсати давлатӣ оид ба илму техника» қабул карда шуд.

Дар ин солҳо илм аз тарафи Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон дастгирии бештар ёфта, маблағгузорӣ ба илм сол ба сол афзуд.

Дар ин давра дар сохтори Академияи илмҳо муассисаҳои нави илмии зерин таъсис дода шуданд: Институти масъалаҳои об, гидроэнергетика ва экология, Институти демография, Институти давлат ва ҳуқуқи ба номи А.Баҳоваддинов, Агентии амнияти ядроӣ ва радиатсионӣ, Маркази илмии Хатлон.

Моҳи майи соли 2002 Қонуни Ҷумҳурии Тоҷикистон «Дар бораи Академияи илмҳои Ҷумҳурии Тоҷикистон» қабул гардид.

Ҳамчунин муассисаҳои нави илмии зерин таъсис дода шуданд: Маркази синошиносии назди Институти фалсафаи ба номи А.Баҳоваддинови АИ ҶТ, Маркази таҳқиқ ва татбиқи манбаъҳои барқароршавандаи энергияи назди Институти физикаю техникаи ба номи С.У.Умарови АИ ҶТ, Маркази инноватсионӣ оид ба биология ва тиб, Маркази инноватсионии рушди илм ва технологияҳои нав.

Ба мақсади фароҳам овардани шароити мусоид барои рушди минбаъдаи таҳқиқоти бунёдӣ ва амалӣ, баланд бардоштани сатҳ, сифат ва самаранокии коркардҳои илмӣ ва истифодаи онҳо дар истеҳсолот, мутамарказ гардонидани нерӯи илмӣ ба самтҳои афзалиятноки таҳқиқоти илмӣ дар мамлакат, пурзӯр кардани фаъолияти инноватсионӣ, такмил додани  низоми тайёр кардани кадрҳо ва мутахассисони ҷавони илмӣ, баланд бардоштани нақши Академияи илмҳо дар соҳаҳои иҷтимоию иқтисодӣ, фарҳангӣ ва маънавӣ, моҳи октябри соли 2010 аз тарафи Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон қарор «Дар бораи ислоҳоти сохторию идории АИ ҶТ» қабул карда шуд.

Вазифаи президенти Академияи илмҳоро аз соли 1966 то соли 1988 академик М.С.Осимов, аз соли 1988 то соли 1995 академик С.Ҳ.Неъматуллоев ва аз соли 1995 то соли 2005 Ӯ.М Мирсаидов, аз соли 2005 то соли 2013 М.И.Илолов ба зимма доштанд, ки дар рушди минбаъдаи илм, таҳкими бунёди моддиву техникии он ва тайёр кардани мутахассисони илмӣ саҳми калон гузоштаанд. Аз моҳи декабери соли 2013 инҷониб вазифаи Президенти АИ ҶТ-ро Ф.Раҳимӣ ба ўҳда дорад.

Дар айни замон дар Академияи илмҳои Ҷумҳурии Тоҷикистон бештар аз 1982 кормандон кор мекунанд, ки  аз онҳо 35 нафар аъзои пайваста (академикҳо) ва 34 нафар аъзои  вобаста, 204 нафар доктори илм ва 373 нафар номзади илм мебошанд. Дар ҳайати Академияи илмҳо 20 аъзои хориҷӣ ҳастанд.

Ҳоло Академияи илмҳои Ҷумҳурии Тоҷикистон 20 институти илмиву тадқиқотӣ, Маркази илмии Хуҷанд, Маркази илмии Хатлон, Маркази байналмилалии илмию таҳқиқотии «Помир-Чакалтой» ва як қатор муассисаҳои дигари илмиро, ки дар соҳаҳои илмҳои табиатшиносӣ, техникӣ ва ҷамъиятшиносӣ таҳқиқот мебаранд, муттаҳид менамояд.

Муассисаҳои Академияи илмҳои Ҷумҳурии Тоҷикистон дар 3 шӯъба муттаҳид шудаанд: Шӯъбаи илмҳои физикаву математика, химия, геология ва техникаи АИ ҶТ (ноиби президент – раиси шӯъба академик С.Одинаев); Шӯъбаи илмҳои биология ва тибби АИ ҶТ(ноиби президент – раиси шӯъба академик М.М.Якубова)  ва Шӯъбаи илмҳои ҷамъиятшиносӣ (иҷрокунандаи вазифаи ноиби президент – раиси шӯъба, академик К.Олимов).

Шӯъбаи илмҳои физикаву математика, химия, геология ва техника муассисаҳои зерини илмӣ - таҳқиқотиро муттаҳид менамояд: Институти математика, Институти физикаву техникаи ба номи С.У.Умаров, Институти астрофизика, Институти химияи ба номи В.И. Никитин, Институти геология,  сохтмони ба заминҷунбӣ тобовар ва сейсмология, Институти масъалаҳои об, гидроэнергетика ва экология, Агентии амнияти ядроӣ ва радиатсионӣ, Муассисаи илмию таҷрибавӣ ва истеҳсолӣ, Хадамоти геофизикӣ.

Ба Шӯъбаи илмҳои биология ва тиб муассисаҳои зерини илмӣ - таҳқиқотӣ шомиланд: Институти ботаника, физиология ва генетикаи растаниҳо, Институти зоология ва паразитологияи ба номи Е.Н. Павловский, Институти биологияи Помир ба номи Х.Ю.Юсуфбеков, Маркази иноватсионии биология ва тиб.

Шӯъбаи илмҳои ҷамъиятшиносӣ муассисаҳои зерини илмиро дарбар мегирад: Институти забон, адабиёт, шарқшиносӣ ва мероси хаттии ба номи Рӯдакӣ, Институти таърих, бостоншиносӣ ва мардумшиносии ба номи Аҳмади Дониш, Институти фалсафа, сиёсатшиносӣ ва ҳуқуқи ба номи А. Баҳоваддинов, Институти иқтисодиёт ва демография ва Институти илмҳои гуманитарӣ.

Дар назди Раёсати Академияи илмҳои Ҷумҳурии Тоҷикистон Комиссияи аттестатсионии Ҷумҳурии Тоҷикистон, Шӯрои ҳамоҳангсозии корҳои илмиву тадқиқотӣ, Шӯъбаи аспирантура, Шӯъбаи магистратура, Шӯъбаи география, кафедраҳои фалсафа ва забонҳои хориҷӣ, нашриёти «Дониш», Китобхонаи марказии илмии ба номи Индира Ганди, Офиси иттилоотии Маркази байналмилалии илмию техникӣ, Маркази иттилооту иртибот, Корхонаҳои воҳиди давлатии «Таъминоти илм» ва «Академсохтмон» амал менамоянд.

Дар  давраи Истиқлолияти давлатӣ  аз ҷониби кормандони муассисаҳои илмии Академияи илмҳои Ҷумҳурии Тоҷикистон қариб даҳ ҳазор  корҳои илмӣ, аз ҷумла қариб 1200 китобу рисолаҳо, маҷмӯаҳои илмӣ ва монанди ин  ба табъ расонида шуд.  Дар 10 соли охир бештар аз се ҳазор мақолаву асарҳои илмӣ ва фишурдаи мақолахои илмии олимони Академияи илмҳои Ҷумҳурии Тоҷикистон дар маҷаллаву нашриётҳои бонуфузи давлатҳои ИДМ, Амрико ва Аврупо ба нашр расиданд, ки ин шаҳодати эътирофи олимони тоҷик ва натиҷаҳои илмии онҳо дар сатҳи байналмилалӣ  мебошад.

Аксари коркардҳои илмӣ татбиқи худро дар муҳимтарин соҳаҳои иқтисодиёт, мисли кишоварзӣ, сохтмон, металлургия, саноати химиявӣ, техникаи ҳисоббарор, геология, тиб ва ғайра ёфта истодаанд. Татбиқи ин коркардҳо имкон медиҳад, ки мавод ва  доруҳои табобатии нав ба даст оварда шуда, масъалаҳои бехатарии сейсмикии объектҳои саноатӣ ва сарбандҳо ҳал карда шаванд ва ҳосилнокии зироатҳои кишоварзӣ баланд бардошта шавад.

Тайи солҳои охир аз тарафи муассисаҳои илмии Академияи илмҳои ҶТ барои ихтироот беш аз 200 патент ба даст оварда шуд.

Танҳо дар панҷ  соли охир қариб 650  корманди Академияи илмҳо барои коромӯзӣ, иштирок дар конференсияҳои илмӣ, симпозиумҳо, семинарҳо, форумҳо, хондани лексияҳо ва хамчунин гузаронидани таҳқиқоти муштараки илмӣ ба  давлатҳои хориҷӣ сафарҳои хизматӣ доштанд.

АИ ҶТ робитаҳои илмии худро бо марказҳои илмии давлатҳои хориҷи наздик ва дур мустаҳкам менамояд. Тибқи қарори Шӯрои сарони ҳукуматҳои ИДМ ва ба мақсади тавсиаи минбаъдаи равандҳои ҳамгироӣ дар соҳаи илм, АИ ҶТ дар доираи Кумитаи байнидавлатии ҳамгиросоз дар таҳия ва татбиқи конвенсияҳо ва созишномаҳо фаъолона иштирок менамояд.

Робитаҳои байналмилалӣ дар асоси созишномаҳои байнидавлатӣ ё шартномаҳои мустақими байни АИ ҶТ ва марказҳои таҳқиқотии давлатҳои хориҷӣ тавсиа меёбанд. Бештар аз 200 нафар олимони Академияи илмҳои мо бо олимони ташкилотҳои илмии хориҷӣ таҳқиқоти муштарак анҷом медиҳанд.

Нерӯи илмии АИ ҶТ ба қадри кофӣ бузург аст ва қодир аст, ки ба рушди илм, фарҳанг, маориф ва иқтисодиёти кишвар таъсири боз ҳам афзоянда дошта бошад.